色彩重叠是马克笔常用的表现方法，水性马克笔颜色画一遍与重叠后所产生的效果不同，通过重叠增加了颜色的深度，使色彩更丰富，当表现一个界面的过渡效果时应选择色性相同的鲜灰很接近的二至三种颜色，由于马克笔用的是透明水色，在画颜色时从色彩的明度上讲应先画最浅的颜色，然后再依次画较深的颜色，用暗色覆盖亮色，同时由于透明水色的特性，当两种颜色重叠也就相当与两种颜色调配，会产生另一色相关系。如红与蓝重叠会呈现紫色，黄与蓝重叠会呈现绿色等。